00年ZERO使用ZERO CANOON卫星炮攻击NEST本部失败后，所引发的骚动被哈迪伦的佣兵部队平息，事情的结果（毁灭了一个城市）被当作卫星事故处理
在此之后，“终止必然会出事的KOF大会”的呼声开始兴起，但是，这次大会的宣传工作和准备工作都非常给力，甚至超过了97年的那次。而且，主办方NESTS更是公然派出了队伍参赛，使得这次大赛的动机扑朔迷离.........
*后，K在主办方的蓄意安排下胜出了KOF2001，登上了早就准备好的飞艇
途中，飞艇改变了方向，并变成了宇宙船飞向宇宙，这时，真 ZERO出现了，说是要给K*后的考验，和他一起出现的还有飞贼的首领龙，和在KOF99之后，被真 ZERO回收并复活的K的复制品古利查里度
*后，ZERO被击败，他在把K一行人送入NESTS位于太空的本部后，和飞艇一起坠落在大气层里，龙脱出，古利查里度下落不明，与此同时，在地面上的NESTS队员也开始了行动，向NESTS本部“钢之城”前进，K9999在动身之前把FOXY击伤（SNK后来强调了她没死）
在钢之城中，NESTS本人，和一男一女出现了，在说明了情况之后，身边的男子IGNIZ把NESTS消灭，原来NESTS早已死亡，NESTS组织真正的运行者是他的儿子IGNIZ！
IGNIZ凭借组织的科技，使自己50岁的身体依然像20岁的时候一样强壮而健康，而且，使用NESTS的标准装备：强化肉体服来战斗，他的目的是把自己一手制造的杰作，捧为人类的巅峰，然后在击倒他们，以证明自己足以超越人类，成为新的神
*后，IGNIZ被自己的杰作K和赶来的NESTS队员们（KULA、K9999、ANGEL）击败，无法承认事实的他自暴自弃的说“如果我无法成为神，我会化作厉鬼，让世上的一切都与我一同消散！”然后使钢之城坠落向地面，想要造成地面的严重破坏事故（钢之城是大量核燃料驱动的）
钢之城在K和其他人的努力下，减速后坠入了海中，而且没有造成很大损害，在地面上活动的NESTS武装组织也被哈迪伦的佣兵部队镇压（NESTS从99年开始所有的武装活动都被哈迪伦的部队镇压了........）
K成功摧毁了NESTS组织，但是，他的记忆没有回复，只是知道了自己和KULA是在NESTS的实验室里认识的，WHIP知道了自己是复制人，本体（K的姐姐）已经死去，但是，她决定回到佣兵部队，开始新的人生，KULA和监护人***在一起，并且开始想办法修理2000年被破坏的保姆机器人CANDY，马克西姆在为战友成功复仇后，决定去扫墓，他和好搭档（基友？）K的旅途依然会继续..............
鳞决定继续去追寻飞贼的背叛者龙，K9999和ANGEL啧把NESTS的基地剩余设施几乎全部破坏，从此之后，在没有人可以束缚他们了
而此时，飞贼的首领龙，则和之前和IGNIZ在一起的**MYSTY出现在不远处，并对拳崇的龙之气和包的超能力深感兴趣......................
和主线相关的貌似只有这么多了.....
拳皇2002龙手出招表如下：
1、投技
消失吧！←or→+C
2、特殊技
烦死啦！→+A
3、必杀技
滚开吧！↓↘→+AorC
划破吧！→↓↘+AorC
粉碎吧！↓↙←+BorD
4、超必杀技
月↙→↘↓↙←↘+AorC
角色背景
SNK（Eolith）开发的游戏KOF2001和SNKP的KOF2002的出场人物。K9999为NESTS的神秘计划Project K"中第9999个亦是*后一个复制体。
因草薙京本人早已逃掉的关系，NESTS只好利用草薙京的复制体继续做余下的新复制体使得复制体的**每况愈下，到了K9999这一代已经完全不像草薙京，只有操控火炎的能力仍然存在。
因实验的激烈副作用的关系，导致K9999的精神很不稳定之外，身体有时也会失控地变型。倒是因为有令手腕变型这种特殊能力，令原本想把K9999破弃的NESTS回心转意让他成为战斗员。
拳皇2001人物一是草_京，拳皇大蛇篇主角，其实也是KOF整个的主角。人物二：K’，拳皇NESTS篇主角，原先是NESTS**组织的成员，不过脱离后就一直辅助草_京。
人物三：八神庵，拳皇系列的架空人物，是90后孩子非主流颓废的领头人，*格举止都类似颓废哥。人物四：莉安娜，巴西雇佣军哈迪伦上校的女儿，同时也继承了大蛇八杰集的力量。
人物五：克拉克，巴西雇佣军的校官，是哈迪伦上校的得力部署。人物六：拉尔夫，巴西雇佣军的尉官，是哈迪伦上校的得力部署。
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