游戏开始是2000年Glodman**3年之后的2003年，James发现小镇仍有僵尸的存在.于是和他的搭档Kate一起前往事发地点调查真相，结果被困在位于地下的档案室内，两人发出救援信号后开始漫长的等待
两周之后，男女主角看见PDA上有反应并且发生大地震，刚开始以为是援兵到了，结果通过监视器发现原来是大量的僵尸开始冲击档案室，于是两人带上所有的**准备背水一战，杀出重围！
两人一路艰辛杀到水道时，不巧碰见了M1boss（Type 0053 Justice）一个喜欢舔人的巨恶心怪物，干掉他后两人赶往备用电梯，结果刚上电梯就被M2boss（Type 6805 Lovers）一个大蜘蛛破坏，两人干掉蜘蛛后只好改乘地铁，赶上地铁又碰上了M3boss（Type 1210 Empress）电锯女皇（二代中Type 205 Strength的**）两人一番苦战杀出了地铁终于来到地面，然后又碰上了M4boss（Type 0483 Temperance）一个刀枪不入的大胖子，两人用大笨钟将其砸死后发现整个小镇一片狼藉，没有任何人生还的可能，而且GOLD MAN发来信息说他安置了一个核弹，将在一小时候**。于是两人开车通过大桥前往ＧＯＬＤＭＡＮ的大楼，而且那辆车大家都很*悉，没错，就是２代的那量车．
上车后，接着就是一幕幕大家数悉的场景，包括打河怪的那座大桥等等，值得一提的是，２代里河怪弄出的那个大洞仍在，只不过里面没水了，取而代之的是一堆僵尸
等到ＧＯＬＤＭＡＮ的大楼后，你会遭遇一个ＢＯＳＳ（STAR），打掉他后便会坐上那*悉的电梯前往ＧＯＬＤＭＡＮ的办公室，在这关中，一路遇到的杂兵是一群机器兵，基本上和僵尸没啥区别．故不在陈述．
到了ＧＯＬＤＭＡＮ的办公室，ＫＡＴＡ便会走上前去调查桌上的笔记本电脑，里面显示*终ＢＯＳＳ就在楼下的图案里．说到这里，有必要介绍一下，玩过２代的朋友也许还记得在快打Magician(就是放火球的那个)的时候，有一个境头放出了ＧＯＬＤＭＡＮ大楼前有一个类似魔法阵的图案,没错,4代的*终BOSS就是从那里面出来的,是个大家伙,有两个形态,**形态有点像蜻蜓,第二型态有点像蜘蛛,K死他后JAMES和KATA发现他竟然还有第三型态,于是JAMES自告奋勇地走上前去用PDA和他同归于尽
在2003年，James在Glodman**三年后重返一个小镇，他发现僵尸依然存在。与搭档Kate一同调查，他们被卷入一场困*，被困在了地下的档案室中。两人发出求救信号后，开始了漫长的等待。
两周后，他们发现PDA有了反应，随之而来的是大地震。他们起初以为救援即将到来，但监视器揭示了**的事实——大量僵尸正向档案室发起冲击。他们决定背水一战，用尽**试图杀出重围，艰难地杀向了下水道。
在下水道中，他们意外遭遇了M1boss——Type 0053 Justice，一个恶心的舔人怪物。击败它后，他们乘电梯，却遭到了M2boss——Type 6805 Lovers的蜘蛛**。地铁之行同样充满挑战，他们遇到了M3boss——电锯女皇，二代中的Type 205 Strength的配偶，一番苦战后，他们终于逃离了地铁，来到地面。然而，等待他们的是M4boss——刀枪不入的大胖子，一番激战后，他们用大笨钟砸倒了他，发现小镇已成废墟，GOLD MAN通知他们核弹即将在一小时后**。
在绝望中，他们驾车穿过大桥，目标是GOLD MAN的大楼，那辆车正是二代中的经典。大楼中，他们将面临STAR BOSS的挑战，击败他后，他们乘坐电梯进入GOLD MAN的办公室。沿途，机器兵成为他们的障碍，但不再详述。
在办公室内，Kate查看笔记本电脑，发现终*BOSS的信息。这BOSS与二代游戏中的魔法阵图案有关，有两个形态，类似蜻蜓和蜘蛛。在与BOSS的战斗中，James主动请缨，用PDA与之同归于尽，揭示了故事的**。
打完migcian后你会看见垂死的Magician正在启动类似与开关的东西。你必须在10秒内用手雷炸死它才行。
A：如果你没有用手雷炸死migcian，它会按下按钮放出批量生产的Magician，这时游戏显示Bad End
B:如果你用手雷炸死migcian，两人走出工厂，并迎接新的战斗；而在工厂深处，hod3那位神秘人会出现在工厂，并说出这样一段话：“潘多拉的魔盒究竟能不能被闭上，另外不过慢慢的……命运之轮已经无法停止了”
值得一提的是仍有这一句话：“故事将在hod3中继续”
