本作设定的年份为2010年。
（前言）
15年前，在Osea大陆上发生了一场战争（史称贝尔卡战争(Belkan War)，在续作皇牌空战Zero中得到完美呈现），这场战争对各个参战国造成了相当大的损伤。在战争结束后各国要求和平的呼声很高，但有人在的地方就不会永远没有战争。随后的10多年间，Osea和Yuktobania两个**大国相互之间进行着军备竞赛。
（游戏从这里开始）
皇牌空战5的故事大体上分为三个阶段
1.Osea战略防御阶段（游戏的**--8个任务）
在Osea的*西端的Sand岛上驻扎着Osea空军**08战术***中队，他们突然遭遇了不明敌机的空袭，这次**导致Osea和Yuktobania全面开战。玩家带领的Wardog中队成为Osea的先锋，而Arkbird在这个时段被派上战场，并击沉了潜艇Scinfaxi。
2.Osea战略进攻阶段（游戏的第9--19个任务）
Osea开始进攻Yuktobania。在Wardog中队击沉了潜艇Hrimfaxi后获得了“Razgriz的恶魔”的称号。随后又经历了Jilachi沙漠战役。但在Osea大军即将抵达Yuktobania首都时却得知两国的元首都并没有向自己的**下令打仗，而Wardog中队也遭遇Belka的8492中队伏击，Wardog中队不得不逃离。
3.联合进攻Belka阶段（游戏的第20--27+个任务）
在Wardog中队逃离Belka视线后得知战争真相，15年前的战争******Belka在其中捣乱。Wardog中队更名为Razgriz中队。Razgriz中队先后救出被Belka扣押的Osea和Yuktobania的元首，在此期间Razgriz中队经过一场峡谷战役后被称为“Razgriz的**”，随后又被称为“Razgriz的**”。之后Razgriz中队击落了被Belka控制住的Arkbird。*终Razgriz中队击败了Belka，并击落了SOLG，粉碎了Belka挑拨战争的巨大阴谋。
这场战争后来被称作“环太平洋战争”(“Circum-Pacific War”)
值得一提的是，皇牌空战5完善了皇牌空战的世界观，右边的图片中出现了Osea和Verusa大陆，而前几作中的USEA大陆被移到了该地图的左右两端的位置上。
任务关模式：
本作通关一遍将有29个任务，算上所有支线任务总共32个任务。
街机模式：
本作增加了一项街机模式（Arcade Mode）。
街机模式的剧情是在前作皇牌空战4中的战争结束后，战败国Erusea中有一批军人拒绝解除武装投降，并纠集残余兵力继续与ISAF顽抗，而且自称为Free Erusea。在这种情况下，ISAF发动了针对Free Erusea的代号为Katina的军事行动，由玩家扮演的Mobius1再度出击，*终消灭了Free Erusea。
在本作街机模式的*后揭开了前作**战机X-02的来源之谜，X-02是Erusea秘密开发的**战机。
本作的街机模式有4条分支路线，而且不同的分支难度各不相同，通关一遍有7个任务，而算上4条分支，总共16个任务。街机模式的**比任务关模式的更少，并且敌人的AI较高，因此难度比任务关模式更高。同时，前作中曾经出现的部分任务场景将在本作的街机模式中再现。本作*大的特点是僚机指挥系统，玩家可以在游戏中向僚机下达指令。
援护(Cover)：僚机跟在玩家身后并保护玩家，当敌机或地面防空设施瞄准玩家时，僚机将攻击这些敌机或防空设施。
攻击(Attack)：僚机攻击玩家正前方的敌方目标。
分散(Disperse)：僚机进入自主攻击模式。
特殊兵装(SP Weapon)：僚机使用特殊兵装，这个指令可与上述3个指令的任意一个同时使用。本作可使用55架不同的战机（包括衍生战机和**战机），在前作中由于一架战机拥有多种特殊兵装而出现了能够通吃所有关卡的“**战机”，因此本作的每架战机只有一种特殊兵装。
本作有些战机具有衍生战机，玩家必须驾驶战机“练级”才能出现相应的衍生战机。
这里所说的”练级“是指一种类似经验值的进度条，大部分战机都有自己的衍生战机（比如F-14A→F-14B→F-14D），这些战机都有各自的进度条，只要达到满值就可以购买相应的衍生战机，而进度条的增长取决于游戏难度和摧毁目标的数量，难度越大、摧毁的目标越多，进度条就增长的快、多。
**战机：
本作有两架**战机。一架是前作的X-02；另一架叫做FALKEN，采用固定式前掠翼，机动***，并使用激光武器(TLS:Tactical Laser System)作为特殊兵装。 Osean Federation：
Osea联邦是Osea大陆上*大的**，15年前贝尔卡战争的参战国之一，贝尔卡战争结束后奉行向外太空发展的和平策略。玩家所属的Wardog中队隶属这个**。当届总统为Harling。
（请注意：Osea末尾的字母n是物主代词的后缀，不是名称的一部分，因此在作中文翻译时应翻译为”欧西亚“而非”欧辛“。）
Union of Yuktobanian Republics：
Yuktobania是Verusa大陆上*大的**，15年前采取了支持Osea联邦的政策而没有乘机落井下石，后来一直和Osea联邦处于友好盟国的状态直到此次“环太平洋战争”爆发。当届总理为Nikanor。
Belka：
Belka是15年前的战争的发动国，地处Osea大陆的中东北部，与Osea接壤。15年前的战争战败后，Belka成立了秘密组织Grey Man，同时还建立一支**战机中队8492中队，而且原Belka的空军Ofnir和Grabacr中队分别被Yuktobania和Osea收编。这些行为的真实意图是为了复兴Belka，也为本作的“环太平洋战争”埋下了伏笔。本作的**武器较多，有两艘超大型潜水航空母舰Scinfaxi和Hrimfaxi，还有空中犹如堡垒的大型目标Arkbird和SOLG，它们都具备很厚的装甲。
Scinfaxi和Hrimfaxi：
Yuktobania建造的两艘巨型潜水航空母舰，携带舰载机，可以发射多弹头弹道**。
Scinfaxi发射多弹头弹道**击沉了Osea的两艘航空母舰，在第7个任务被Wardog中队击沉于Sand岛西面的大洋中。
Hrimfaxi停靠在Anea大陆北部的Razgriz海峡中，在**3个任务被Wardog中队击沉，从此Wardog中队也有了“Razgriz的恶魔”的称号。
Scinfaxi和Hrimfaxi的多弹头弹道**的缺点是无法打击5000英尺（1500米）以上的空域。
Arkbird：
在Osea总统推动下建造的成圈层大气飞船，永不落地，能利用同大气的摩擦维持飞行和方向变更（类似于打水漂的原理），且拥有一定数量的UAV（无人驾驶机），通过SSTO（成圈层往返穿梭机）补给。
Arkbird在Yuktobania潜水航空母舰1号舰“Scinfaxi”发射的多弹头弹道**击沉了2艘Osea的航空母舰后，被决定投入战争。通过SSTO运输装上了TLS（战略激光系统），成为制衡Yuktobania多弹头弹道**的重要力量。后来补给品中被Belka的**混入**物，**后失去主动力，退出战线。*后还被Belka控制，装上了核武器，妄图攻击地面城市。在第24个任务被Razgriz中队击落，坠入Ceres大洋中。
SOLG：
全称“Satellite Orbital Linear Gun（戦略的な轨道リニアガン）”，巨大的无人武装空间站，本体为全长超过一公里的巨型天基磁轨炮。原本是Osea联邦在贝尔卡战争时针对Belka公国的**武器——巨型化学气体激光塔“圣剑（Excalibur）”而建造，然而未能完工战争已结束，遂被遗弃在卫星轨道上。
15年后在Belka公国秘密组织“Grey Man”将其改造成可以发射常规弹头和V2型MIRV弹头的（准）末日兵器，据称具备摧毁至少半数Osea联邦和Yuktobania的大城市的能力。倒数第二个任务时SOLG已经具备运转能力并且从太空向Razgriz中队的友军开火，当其控制中心被Razgriz中队和Bartlett合力击毁后开始向地面坠落，目标是Osea联邦首都Oured市，在*后一个任务中被Razgriz中队在空中击毁而解体**。
皇牌空战5一共有2架**战机
1.FALKEN
在以下5关中消灭红色边框的特殊仓库得到5个零件后人手
12A初期位置东北侧河边有储存FALKEN零件的仓库，接近后雷达才能发现.
12B在一排烟囱附近有一个单*的目标，是储存FALKEN零件的仓库（旁边有一个SAM）。
16A在10000分达成后西北侧有储存FALKEN零件的仓库，单*的一个。
16B 10000分达成后在西侧中部2条河中间出现单*的存放FALKEN零件的目标出现。
27北边有2座桥，靠北那个西侧有存放FALKEN零件的仓库。
2.X-02飞龙
需要集齐除FALKEN外其他的所有飞机。
